Ordem Chiroptera
- Pipistrellus pipistrellus - morcego-anão
- Pipistrellus maderensis - morcego-da-madeira
- Pipistrellus kuhlii - morcego-de-kuhl
- Pipistrellus nathusii - morcego-de-nathusius
- Hypsugo savii - morcego-de-savi
- Nyctalus leisleri - morcego-arborícola-pequeno
- Nyctalus noctula - morcego-arborícola-grande
- Nyctalus lasiopterus - morcego-arborícola-gigante
- Nyctalus azoreum - morcego-dos-açores
- Eptesicus serotinus - morcego-hortelão
- Barbastella barbastellus - morcego-negro
- Plecotus auritus - morcego-orelhudo-castanho
- Plecotus austriacus - morcego-orelhudo-cinzento
- Myotis daubentonii - morcego-de-água
- Myotis bechsteinii - morcego-de-bechstein
- Myotis mystacinus - morcego-de-bigodes
- Myotis nattereri - morcego-de-franja
- Myotis emarginatus - morcego-lanudo
- Myotis myotis - morcego-rato-grande
- Myotis blythii - morcego-rato-pequeno
- Miniopterus schreibersii - morcego-de-peluche
- Tadarida teniotis - morcego-rabudo
- Rhinolophus ferrumequinum - morcego-de-ferradura-grande
- Rhinolophus euryale - morcego-de-ferradura-mediterrâneo
- Rhinolophus mehelyi - morcego-de-ferradura-mourisco
- Rhinolophus hipposideros - morcego-de-ferradura-pequeno
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